Im Spätherbst wird besonders der Varroabekämpfung größeres Augenmerk geschenkt. Vor allem an warmen Herbsttagen kann es durch Räuberei oder auch Verflug zu einem Eintrag von Milben in die Völker kommen. Mit Hilfe der Diagnoseeinlage im Gitterboden kann dies rechtzeitig erkannt und auch darauf reagiert werden.

Sobald die Bienen sich zur Traube zusammenziehen sollte das Flugloch zum Schutz vor eindringenden Mäusen oder Spitzmäusen mit einem Mäusegitter versehen werden. Ansonsten beschränkt sich die Arbeit am Bienenstand auf gelegentliche Kontrollen, vor allem nach Stürmen, ob alles noch in Ordnung ist.

Der Herbst ist ideal um alte Waben auszuschmelzen und das Wachs wiederzugewinnen. Das Ausschmelzen der alten Waben dient zum Erhalt eines hygienischen Wabenbaus.